Например, буква 
ה звучит скорее как латинская 
h, чем как кириллические 
х либо 
г. И в транслитерациях мы будем писать этот звук как 
hа.
Такое решение принято на базе открытых обсуждений, посвященных вопросам транслитерации. Ссылки на наиболее интересные из русскоязычных:
Также учитывается стандарт транслитерации иврита ISO 259 - 
https://en.wikipedia.org/wiki/ISO_259